La chiesa dello Spirito Santo è parte di un antico complesso bizantino, dapprima restaurato nel 1320 ad opera dei frati Minori Conventuali dell'Ordine di San Francesco che vi risiedettero fino al 1393, quando si videro affidati i locali dei palazzi confiscati ai signori Andrea Chiaramonte e Scaloro degli Uberti, poi diventati chiesa e convento di San Francesco d'Assisi.
Essa è sempre stata annessa alla parrocchia di San Bartolomeo Apostolo nonostante agli inizi del Novecento fosse ancora in mani private. È stata riaperta al culto nel 2009 in seguito all'intervento del Comune di Enna e della Venerabile Confraternita dello Spirito Santo, della quale è sede.
Su una roccia vicino alla chiesa si trova un campanile a vela, mentre nella parte posteriore era posta anticamente una torre di avvistamento, data la posizione strategica per la difesa della città, sovrastante la vicina Porta di Janniscuru. La struttura fu parzialmente adattata dai frati minori per le esigenze del convento, costituendo probabilmente anche un refettorio, mentre le celle-dormitori vennero scavate nelle grotte accanto alla chiesa.
Entrando, a sinistra, si trova la cappella dello Spirito Santo, con l'effigie della Trinità portata in processione in diverse occasioni dalla confraternita. La cappella di destra accoglie una statua di Maria Addolorata mentre nella cappella del corridoio laterale destro è stata posta nel 2011 una statua raffigurante il "Cristo alla colonna". L'interno presenta una conformazione simile a quella della Santa Casa di Loreto, con una finestrella che volge lo sguardo verso l'altare maggiore, dove è collocata la Vergine Nera di Loreto. Vi si festeggiano il Triduo e la Solennità della Pentecoste e quella di Maria SS. Assunta il 15 agosto.
