Si trova per la prima volta elencata tra le Cappelle di San Pietro Vernotico nel verbale di visita di Monsignore Michele Pignatelli del 1688. Vi si affermava che detta Cappella fu eretta con le elemosine dei fedeli e specialmente per interessamento e l'opera di Don Giovanni Pennetta. Pare sia stato il risultato concreto del lavoro assiduo dei Padri della Compagnia di Gesù (Gesuiti), da tempo ormai dediti a predicare alla popolazione sampietrana. [...] Nella Chiesa è dedicato un altare alla "Madonna della Fontana" (olio su tela di Cosimo Miccoli, 1843). [...] Interessanti sono i riferimenti concernenti il culto in Francavilla Fontana per la Madonna della Fontana che risalgono al principe di Taranto Filippo d'Angiò, fratello del re di Napoli (1309 - 1343), e che spiegano la nascita e l'origine di tanti Casali in Puglia. [...]
